磷酸鐵鋰也有不容忽視的基本缺陷，總結如下:

1.在制備磷酸鐵鋰的燒結過程中，氧化鐵有可能在還原氣氛中高溫還原為單質鐵。簡單的鐵會造成電池的微短路，是電池中最忌諱的材料。這是該材料在日本沒有作為動力鋰離子電池正極材料的重要原因。

2.磷酸鐵鋰存在一些性能缺陷，如振動密度低、壓實密度低，導致鋰離子電池能量密度低。低溫性能差，即使是納米碳涂層也沒有解決這個問題。美國阿貢國家實驗室儲能系統中心主任DonHillebrand博士用可怕這個詞來描述磷酸鐵鋰離子電池的低溫性能。盡管一些制造商聲稱磷酸鐵鋰離子電池在低溫下仍能很好地保持其容量，但這是在放電電流小、截止電壓低的情況下。在這種情況下，設備根本無法啟動。

3.材料的制備成本高于電池的制造成本，導致電池成品率低，一致性差。磷酸鐵鋰的納濾和碳包覆在提高材料電化學性能的同時，也帶來了能量密度降低、合成成本提高、電極加工性能差、環境要求苛刻等問題。磷酸鐵鋰中的化學元素Li、Fe、P雖然含量豐富，成本低廉，但磷酸鐵鋰的產品成本并不低。即使扣除研發成本，材料的技術成本和電池制備成本也會導致單位儲能成本的新增。

4.產品一致性差。目前國內還沒有磷酸鐵鋰材料廠可以解決這個問題。從材料制備的角度看，磷酸鐵鋰的合成是一個復雜的多相反應，包括固體磷酸鹽、氧化鐵和鋰鹽，加上碳前驅體和還原性氣相。在這個復雜的反應過程中，很難保證反應的一致性。

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5.知識產權。磷酸鐵鋰的第一項專利申請由FXMITTERMAIER&SOEHNEOHG(DE)于1993年六月二十五日獲得，結果于1993年八月十九日公布。磷酸鐵鋰的基本專利由德克薩斯大學擁有，而碳涂層專利由加拿大人申請。這兩項基本專利是不能回避的。假如在成本中包含提成，產品成本將進一步新增。

此外，從鋰離子電池的開發和制造相關經驗來看，日本是第一個將鋰離子電池商業化的國家，并一直占據著高端鋰離子電池市場。美國雖然在一些基礎研究方面處于領先地位，但尚未生產出大型鋰離子電池。因此，日本選擇改性錳酸鋰作為動力鋰離子電池的負極材料更為合理。即使在美國，磷酸鐵鋰和錳酸鋰作為鋰離子電池正極材料的比例也相當，聯邦政府支持這兩種系統的發展。鑒于上述問題，磷酸鐵鋰作為動力鋰離子電池的負極材料在新能源汽車等領域難以廣泛應用。假如它能解決錳酸鋰在高溫下循環和儲存性能差的問題，它將具有成本低、倍增器性能高的優點，在動力鋰離子電池中有很大的應用潛力。